權證本質上是一種期權合約，權證持有人享有在權證行權期內行權的權利。如果權證持有人行權，則應根據權證的條款進行相應結算。目前，權證的結算方式主要有兩種，即現金結算和實物結算。現金結算是權證持有人行權時，按行權價格與標的證券的結算價格及行權費用之差價，收取現金。結算價格一般取行權日前10個交易日標的股票每日收盤價的平均數。
　　實物結算又稱為證券給付結算，對于認購證，是指在行權時權證發行人以約定的價格向持有人出售相應的標的證券；對于認沽證，是指行權時權證發行人以約定的價格向持有人購買標的證券。
　　如果權證的發行人是上市公司，發行權證的目的是融資，如現在我國市場上的可分離債權證，一般采用證券給付方式結算。這種方式的好處是，在權證到期時，如果權證處于價內狀態，權證持有人將會行權，發行人通過發行新股來滿足行權需求，從而達到公司的融資目的。
　　對于實物結算，認購證持有人在行權時不僅要準備相應的資金購買股票，同時行權所獲得的股票要在行權后的下一交易日才能出售，這樣投資者就面臨一定的流動性風險，投資者的行權收益還要受到行權后正股價格波動的影響。對于認沽證持有人，則需要準備足夠數量的標的股票，因此大規模的行權也可能導致標的股票的需求量增加，從而提高行權成本。
　　相比較而言，現金結算方式的優勢較為明顯。首先，由于不涉及標的股票的交割，因此不會對標的股票的價格產生很大沖擊；其次，與證券給付方式要求投資者主動申報行權不同，現金結算方式的權證在到期時，如果權證處于價內，結算系統會自動將結算價與行權價的差額并扣減相應費用后，給予持有人相應的現金收入。這樣的好處有二，一是不會發生誤行權，即價外證不會被行權；二是不會發生權證在具有行權價值時，由于投資者沒有足額現金或標的股票而不能行權，或者忘記行權的情況。最后，對于認購證持有人而言，如果采用現金結算方式，行權后投資者獲得的是現金而非股票，因此，行權后標的股票價格的波動不會影響投資者的收益。
　　從成熟市場的情況來看，現金結算是主流結算方式。在我國，之所以現在絕大多數權證仍采取實物結算的原因是，我國權證市場多數權證是從可分離債中分離出來的股本權證。將來備兌權證成為我國權證市場上的主流產品時，現金結算亦將成為主流結算方式